Linux操作系统关于集群的安装与并行计算

发布时间：2014-09-05 17:35:12作者：知识屋

1.linux安装

安装过程就不多说了。需要注意的是安装时，如果机群不与外界联网则可以不考虑安全

方面的因素而把rsh选为可信赖的服务，注意安装相应的软件包；如果还要与外界保持联

网，出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后，应该保证各节点之间能够用s

sh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名：node1...noden (我所构

建的系统n=2)

2.创建NFS服务

在服务器节点public目录下建立mpi目录，并将其配置成NFS服务器，在/etc/exports文

件中加入一行：

/public/mpi node1(rw) node2(rw)

在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行：

sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0

将/public/mpi这个目录从服务器节点输出，并装载在各客户端，从而便于在各节点间分

发任务

3.修改/etc/hosts文件，将所有节点名称极其ip地址填入。例如：

127.0.0.1　localhost.localdomain localhost

192.168.1.1　node1

192.168.1.2　node2

…………………….

每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名

称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。

4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件

将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节

点对其它的节点放权。

例如，我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器，其他的节点是参与计算者，在node

1的/etc/hosts.equiv文件是这样的：

node1 #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境

node2

.....

noden

在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件：

node1 #对node1放权

node2

......

noden

5.修改~/.bash_profile文件

首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个

节点上建立新用户chief，他们的主目录都是/home/chief，必须采用同样的密码，将来

的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，则必须把a.out放

在同样的路境内，比如~/mpirun/a.out，每个节点都是如此。修改~/.bash_profile文

件，主要是加入下列几行脚本：

export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin

export MPI_USEP4SSPORT=yes

export MPI_P4SSPORT=22

export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh

这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变

量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配

置完毕了。

6.配置rsh 或ssh

对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户，

并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。

若采用ssh作为远程shell则按如下配置：以你设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行

ssh-keygen，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i

dentity.pub文件内。然后进行访问授权，运行：

cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys

chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys

ssh-agent $SHELL

ssh-add

在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点，ssh noden，则在.ssh/下生成

一个known_hosts2文件，里面放着访问该主机的密钥，把所有密钥收集起来，在各个节

点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。

7.开启各项必需的服务

如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实

用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启

rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。

如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时

可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi编辑器打开xin

etd.d:

vi /etc/xinetd.d

则可看到如下所示的配置文件:

关于rsh的设置如下# default: off# description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, #       consequently, for the rsh(1) program.  The server provides #       remote execution facilities with authentication based on #       privileged port numbers from trusted hosts.service shell{       disable = yes       socket_type             = stream       wait                    = no       user                    = root       log_on_success          += USERID       log_on_failure          += USERID       server                  = /usr/sbin/in.rshd}关于rlogin的设置如下# default: off# description: rlogind is the server for the rlogin(1) program.  The server #       provides a remote login facility with authentication based on #       privileged port numbers from trusted hosts.service login{       disable = yes       socket_type             = stream       wait                    = no       user                    = root       log_on_success          += USERID       log_on_failure          += USERID       server                  = /usr/sbin/in.rlogind}关于telnet的设置如下# default: off# description: The telnet server serves telnet sessions; it uses # unencrypted username/password pairs for authentication.service telnet{disable = yesflags = REUSEsocket_type = streamwait = nouser = rootserver = /usr/sbin/in.telnetdlog_on_failure += USERID}

所有这些服务在安装完系统之后都是默认为禁用的，要进行修改来打开这些服务。如要

通过修改启动telenet则就需要改disable = yes为disable = no。对于其他的服务的启

动的修改与之相同。若启动这些服务则只需要简单执行：

＃/etc/rc.d/init.d/xinetd restart

或重起计算机就可以使所作的更改生效。

8.在服务器节点编译、安装Fortran90编译器

先将Fortran90（我用的是Intel的）编译器拷贝至/tmp下，然后用tar xvfz fortran90

.tar.gzj解压缩。运行

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